为了加强中日两国之间、中国大陆与台湾之间的学术文化交流，2009年8月3日下午，敦煌学基地郑炳林所长与早稻田大学文学学术院肥田路美教授、台湾国立台北大学人文学院古典文献学研究所代所长杨果霖副教授分别签署交换了学术交流协议。签字仪式由敦煌学基地伏俊琏副所长主持。
　　根据协议精神，基于互惠原则，就敦煌学及亚洲佛教文化研究方面的学术情报进行互换，包括各自发行的学术杂志、佛教美术、佛教文化等学术杂志上发表的论文及学术著作，并实现学术数据库的共享。同时，为推进双方相互交流和资料互换，每三年召开一次研究报告会。最后，双方在教师、研究人员及学生之间的互派上初步达成了协议。
　　这是继与耶鲁大学共建国际佛教艺术与文化研究中心以来，敦煌学基地又一次重大的对外学术合作协议，同时也是敦煌学基地走向世界的重要契机和依托，标志着海外学术交流和研究工作迈上了又一个新的台阶，这为敦煌学国际学术交流搭建了良好的平台。