一、根据教育部制定的《普通高等学校人文社会科学重点研究基地建设计划》中关于凡作为重点研究基地的科研机构“必须是隶属于学校的实体性研究所或研究中心”的规定，本研究所的研究人员由专职和兼职两部分人员构成，以专职人员为主体。研究所所长、研究室主任、学术刊物主编均由专职人员担任。重点课题组组长一般由专职人员担任，在特殊情况下也可由兼职人员担任，但必须由专职人员担任该课题组的副组长。专职人员的编制属于研究所。
　　二、本研究所实行与研究课题挂钩的聘任制。凡承担省部级以上（含省部级）机构资助的科研项目、愿意进入本研究所从事研究，并经研究所所长提名、研究所管理委员会讨论批准者，所长可根据不同情况，聘任其为本研究所专职或兼职研究人员。
　　三、本研究所采取人员流动制：无论专职的或兼职的研究人员都必须带着研究课题及相关资助进入本研究所，课题完成后聘任即自动取消；但届时若有新的、合适的研究课题及相关资助并经过批准，本研究所即继续予以聘任。
　　四、本研究所共设立敦煌文献研究室、宗教学研究室、佛教艺术研究室等三个研究室，每一个研究室设主任一名。研究室主任的任命，由研究所副所长商量决定后，报请学校有关部门备案。
　　五、每一个研究室的一般科研项目由研究室主任主持或负责管理，重大研究课题则必须成立课题组并聘任课题组组长，由课题组组长负责并管理。
　　六、研究所正、副所长、各研究室主任及课题组组长，均由研究人员兼任，不脱产。
　　七、研究所办公室、资料室设工作人员各一名（在研究所与其他机构联合成立办公室、资料室时，工作人员可由相关机构的专职人员兼任）。
　　八、对中心全体成员的考核及奖惩，均严格按照考核与奖惩条例执行。
　　九、干部的任免、机构的废除或设置，由研究所正、副所长商量决定。
　　十、如课题不能按期完成，从事该课题研究人员的聘任即行取消；有特殊理由并经研究所管理委员会批准者除外。
　　十一、以上制度自发布之日实施，解释权归兰州大学敦煌学研究所。