1、2005年，杨富学研究员的《回鹘文献与回鹘文化》获甘肃省第九届社会科学优秀成果一等奖。
　　2、2005年，王冀青教授的《斯坦因与日本敦煌学》、《斯坦因第四次中国考古日记考释》获第六届甘肃省优秀图书奖一等奖，2006年获首届中华优秀出版物奖。
　　3、2007年，冯培红（指导教师：郑炳林教授、施萍婷研究员）的博士学位论文《敦煌归义军职官制度——唐五代藩镇官制个案研究》被评为2007年度全国百篇优秀博士论文。
　　4、2008年，沙武田（指导教师：郑炳林教授、樊锦诗研究员）的博士学位论文《敦煌画稿研究》，获2008年全国百篇优秀博士学位论文提名奖。
　　5、2008年，甘肃省第一十届社会科学优秀成果奖中，研究所获一等奖1项，二等奖2项，三等奖4项。