2009年1月23日至28日，应日本京都大学人文科学研究所邀请，敦煌学基地郑炳林所长赴日本参加“多民族的敦煌”学术会议。会上郑炳林教授做了题为“敦煌：中外文化交融与碰撞”的学术报告。一起出席这次会议的还有北京大学历史系荣新江教授，荣新江教授的学术报告为“聚落到乡里-敦煌等地胡人集团社会变迁”。并就这个问题回答了专家的提问。出席会议的有日本关西地区著名高校的专家，如京都大学著名粟特文专家吉田丰教授、日本佛教专家落合俊典教授等。日本京都大学人文科学研究所高田时雄主持会议。
　　会后，郑炳林教授还参观了大阪市美术馆、京都国立博物馆等，并应邀参加了26日西陲发现中国中世写本研究班的学术活动。